如果白佑彬能够看穿陈锦宽的心思，他就不是海军中校，陈锦宽也不是海军元帅了。
当时，很多人都认为陈锦宽想借机搞垮李玉民，因为在海军中，李玉民对陈锦宽的元帅地位威胁最大。别说白佑彬这些年轻军官，就连卫延年，陈锦宽最信任的海军总参谋长都只看出了这一点。
显然，事情的发展远远超过了这些人的估计。
七十二年（40年）二月七日，就在李玉民主动递交辞呈，辞去太平洋舰队司令官，转为预备将领的第五天；陆战队攻克棉兰老岛北部重要港口，也是日军最后一个大型据点卡加延-德奥罗的第二天，身体基本康复的陈锦宽返回海军司令部，重新执掌帝国海军。
八日，李玉民在家上吊自杀，虽然被副官及时发现，但是在送到医院之后也因为大脑长时间缺氧成为了植物人。从此，以李玉民为代表的东洋系逐渐淡出了帝国海军，众多东洋系军官遭到了前所未有的打击。
同一天，在没有任何征兆的情况下，陈锦宽发布了帝国海军改制计划。
按照该计划，帝国海军将率先采用战区制，舰队则统一由海军司令部与总参谋部掌管与指挥，并且由总参谋部根据战争情况进行组编。
当时，陈锦宽将海军主导的战场划为了五个战区，即西太平洋战区，南方战区（后来包括东南亚、澳洲、南太平洋与西北印度洋），中西战区（后来包括西北印度洋、阿拉伯半岛、地中海与北非），北大西洋战区与南大西洋战区（后来包括了南大西洋、撒哈拉以南非洲与南美洲，所辖面积为各大战区之首）。
各个战区都设独立的战区司令部，其主要职责为策划战役行动，指挥与协调参战部队。
也就是说，各大战区司令部只有军事指挥权，而没有人事调动与任免权。显然，战区司令部是纯军事职能的部门，其影响力远远不如舰队司令部。
战区制度的确立，在很大的程度上为帝国海军打赢战争奠定了基础。
后来，萧鼎昆在海军的战区制度上，确立了帝国海陆两军的战区制度，并且让陆军也规划了相应的战区，并且明确了各个战区的重点（即指挥权到底属于海军还是属于陆军，或者陆战队），从而为海军、陆军与陆战队联合作战奠定了基础。
从这一点来看，帝国海军在创新方面再次走在了陆军的前面。
与战区制并行的就是舰队改组。
以往，舰队都属于舰队司令部，即便是在规划新战舰的设计与建造，新战舰的分配方面，总参谋部与海军司令部都得给舰队司令部面子。显然，在帝国海军独步全球，无人能敌的情况下，这一制度的问题并不大。现在却不再适合新的情况，要想使帝国海军发挥出全部潜力，就必须集中利用有限的资源。
集中管理与编组舰队是提高舰队战斗力与作战效率的有效办法。
按照陈锦宽的规划，所有战舰都直接隶属海军司令部，作战行动上则由海军总参谋部直接指挥，或者是委托战区司令部指挥（实际操作中，基本上都是由战区司令部指挥，总参谋部只负责调动与派遣舰队）。
当时，陈锦宽没有提出改组的细节规划，最后的工作是由卫延年完成的。
舰队的管理分为行政与作战两部分，行政管理权由海军司令部负责，并且下设舰队行政管理处，其主要职责就是负责战舰的设计与建造，战损维护，人事安排等。因此整项改革设计到彻底改变海军司令部的职能机构，比如严国荣的后勤装备处就需要分出一部分来，所以这项改革花了两年多时间才最终完成。
作战管理权则由总参谋部掌握，主要涉及舰队编组，调动，任务派遣等。
相对而言，作战改革比较容易，毕竟这是提高舰队战斗力的关键，所以在当时就确定了下来，并且很快得到了实施。
按照卫延年提出的方案，今后帝国海军的舰队将全部采用数字编号。
以马六甲海峡为界，在东面战场上活动的舰队为单数编号，在西面战场上活动的为双数编号，且各战区都有对应的编号。比如受西太平洋战区指挥的战舰统一编为第一舰队，受南方战区指挥的战舰统一编为第三舰队，受中西战区指挥的战舰统一编为第二舰队，受北大西洋战区指挥的战舰统一编为第四舰队，受南大西洋战区指挥的战舰统一编为第六舰队。如果某支舰队在战区间调动，其编号自动改变。比如某支舰队在西太平洋战区指挥下执行作战任务时，其编号为第一舰队，转移到地中海作战，受中西战区指挥时，其编号自动变更为第二舰队。
在此基础上，各舰队下设分舰队，并且用阿拉伯数字编号。
比如在改组前，快速战斗群属于太平洋舰队，改组后，太平洋舰队改编为第一舰队，而快速战斗群则为第12舰队，第11舰队则是主力战斗群。
各分舰队下的战舰编队则在分舰队编号后加以注明。
比如，快速战斗群的战列舰编队今后就应该称为第12-1战列舰舰队，如果增添新的战列舰，并且编为独立的战列舰编队，则顺次为第12-2战列舰舰队。
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