黄文金没想到孙胡子看起来这么一个草莽野夫，居然也有这么大的志向，他问道：“老孙，真有一手！早知道咱们就合伙干上一大场，等打回广西老家，我请你吃我家酿的老酒，当年起义之前我亲手埋下的！”
而一旁的林嵩倒是抱有质疑态度，他说道：“督军，你这想法甚好，志向也是极广，但是我们不必想那么广的问题，现在我们只占了闽东、闽北、闽西大部，别说是杀过五岭，就是荡平全闽估计还得好久！”
这是实情，这次福州战役最后让清军主力和城内的闽浙总督、福建巡抚、福建布政使等要员都跑个精光，他们迅速南撤重新组织起来。
福建虽然是沿海地形，但是山多林密，不适合大部队展开，更不要说现在虹军占领区尚有大量灰色的游杂武装存在，甚至还有少量清军依旧活动。
因此按照林嵩的想法就是，如果没有大批援军入闽，就以虹军在在福建的现有兵力，至少还要六个月才能占领全闽，而让福建安定下来，至少还要三个月的时间，这还是建立在不要出生第二个石云庆的情况下。
不过孙胡子有自己的想法：“关健是队伍要纯洁，都说老三营是怎么精良的队伍，可当初成营的时候，是什么一个情况，你们不清楚，我最清楚，咱们磐石营几乎都是三心二意的绿营兵，随时都准备跑，可是现在看，他们哪一个不是对燕王殿下忠心耿耿！”
他下了结论：“关健是干部要训练，政工要跟上，咱们虹军各支部队之中，就以我们福建地区的政工最为薄弱，干部意志最为软弱，因此我准备一边战斗一边整军……”
对于这次整军的后果，林嵩与瞿质斌都没有做好预期，甚至孙力行都没想到最后的结果。
《福建军区战史》以官方的语言总结这次整军：“在孙力行督军的督促之下，驻闽各部队进行轰轰烈烈的第一次整军，这次整军肃清了石云庆叛徒集团的恶劣影响，引进了大批年富力强忠于虹军的新干部，大大鼓舞了我军的士气，并把驻闽虹军建设成燕王殿下最有战斗力的部队！”
而第三师官方战史《坚如磐石》则大声歌颂了他们在这方面对孙力行的配合：“在实施江南战役的同时，我们协助了老师长、时任福建督军的孙力行将军的福建整军行动，不抱小团体主义，顾全大局，在十分困难的情况下调出排以上干部二百六十名，并从福建军区调入虹军干部二百一十名，并将这些干部安排到适当的位置！”
但是当时的档案有着与官方史料不同的说法，特别是这次整军的当事人更是如此，若干年后军内人事部门曾有总结：“福建整军是我军历史辉煌的一笔，为建设坚诚可靠的我军创造了坚实的条件，但也存在着若干后遗症，如当时将一百四十三名干部鉴定为石云庆死党与红巾军余党，将其全部清除出军队转回原籍工作，另有红巾军干部二百一十名调到江苏方面任职，全部降一级使用，现在这些干部对此表示强烈不满，要求恢复原有待遇。”
而当事人的反应更为强烈，许多主动或被动参加石云庆之变的当事人纷纷上诉：“我们是原福建独立一旅、福建独立第二营等部队的一批老干部老战士，大多是一八五五年、一八五六年参军的老战士，还有相当人员是参加了温州、台州时期虹军初建时期的老战士，在石云庆发动叛变时虽然对石云庆叛徒集团作了坚决的斗争，但是由于客观环境的影响，一度被裹胁到叛军之中。
但是我们始终不曾改变对皇帝与虹军陛下的一片赤诚之心，一有机会就主动返回到虹军之中，但是事后福建军区主要领导人无视事实，对被迫裹胁入叛军的干部战士进行无情报复，除部分人开除军籍、转业到地方之外，我们这些早期参加革命的干部战士亦在此人一手组织的福建整军运动中被迫重新入伍，不但一些原本担任营连排职务的老干部重新从战士干起，而且军籍亦重新从一五五七年七月一日开始计算。
在过去的若干年中，我们默默为皇帝陛下与国家做出全部的奉献，但是伴随时间的流逝，我们与同期参军的其它战友相比，待遇上拉得越来越大，如丁孝顺中尉，与他同时同地入伍的十三名战友，今天已经有人晋升到少将，大部分是上校、中校，只有个别人是少校，只有他本人只有中尉待遇，至于在薪金就差得更多，根据我们的调查，与同期入伍的战友相比，待遇至少相差百分之七十，有些时候更多达三四倍之多。
鉴于我们在过去岁月的忠诚与可靠，强烈要求纠正福建军区的错误做法，对我们军籍从实际入伍开始计算，并对已经符合年限的战友进行正常晋升，并享受虹军初创时期老干部的全部待遇。”
而某些私下的回忆录更是暴露了更多的真相，如云天纵上将的私人谈话就直白地说：“福建整军虽然取得很大的成绩，但也伤害了部分干部，受到直接影响的干部战士多达千余人，其中数百人不是被调往地方工作，就是转业回乡，还有一部分干部被调江苏方面降级使用，而从第三师方面调往福建方面的干部则是晋级使用，造成相当恶劣的影响，甚至发生大批干部战士逃亡的严重后果，其中有××名成为可耻的叛徒，对我军在福建下一步行动造成相当大的阻碍。”
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