后人评价，《北京专约》是中国步入近代以来所签订的第一个“收获实利”的条约，因为此前中国对外签定的条约，无一不是丧权失地，且当时尚不自知，“而自台事专条订立之后，中国始知弃虚名，争利权”，最终促使中国人一点点的抛弃了陈腐的“天下观”，转向了“世界观”。
在《北京专约》当中，最能体现出这种转变的，便是关于琉球的问题。尽管在条约当中，中国依然称琉球为“属国”，属国这个词仍然属于中国传统的宗藩观念体系，不被当时的国际法所认可，但条约当中明确说明琉球“归中国保护”，用国际法的观念来说，琉球便不再是“属国”，而是中国的“被保护国”，中国是琉球的“保护国”。这意味着中国的传统观念已经在发生着悄悄的改变，不再被既通晓“天下观”又擅于“世界观”的日本玩弄于掌股之间。
《北京专约》是亚洲政治史和近代中日关系史上的一个重要条约，而正是因这个条约的签定，中国和日本这两个亚洲的主要国家，分别走上了不同的道路。
《北京专约》使中国从日本得到了500万英镑（合中国白银2000万两）的巨额赔款，正是靠着这笔赔款，中国打下了近代工业基础，为由农业国向工业国的转变开辟了道路。而日本因为这笔赔款的付出，背上了沉重的债务负担，而不得不依附于西方国家的金融体系，才得以完成了举步维艰的明治维新。
尽管《北京专约》带给了中国极大的利益，但同时也带来了巨大的负面作用。由于从日本得到了巨额赔款，相当于中国一年总收入的三分之一，“举国上下皆感极其富裕”，加之战胜了日本，使得清廷很多官员重新找回了天朝上国的“自信”，满足于已经取得的成果，骄傲自满的情绪又重新抬头，使得中国前进的脚步又一次放缓。
幸运的是，一群卓越而富有远见的官员们仍然保持着清醒，如果不是他们的努力，中国势必将又一次陷入到沉睡之中！
林义哲在给同治皇帝的奏折中总结此前中国屡败于西方的原因，以及此次台湾逐倭之役的得失，曾如此说：“……或云，彼国侵占我国土地在先，我民奋起抗击在后，纵有不是，尚属小过，远不及西国强权之危害流毒深远云云。殊不知若行国士之行，人便以国士待之；若行蛮夷禽兽之行，人便以蛮夷禽兽待之。不能自重，枉要人重，岂非贻笑大方？”林义哲深深的明白，事实上，中国长久以来的悲剧，原因正在于此，一方面愚昧闭塞、弱小落后，一方面却又自作聪明、自以为是，这两点结合，使得中国对外来文明、外来人士都充满排斥感，以至“全民弱智”。反观中国的邻国日本，在国门被炮火打开之后，立即打出“文明开化”的旗号，知耻后勇，励精图治，使国势蒸蒸日上，不数年便为东亚第一。常说“落后就要挨打”，中国人却始终将“落后”理解为拳头的力量，其实文明的落后、观念的落后，才是中国挨打最根本的原因！
事实上，到目前为止，中国除了经济与科学技术有所进步，愚昧闭塞、弱小落后、自作聪明、自以为是这几点，相对鸦片战争时的清朝而言几乎没有实质性的改变，对近代文明规则毫无尊重接纳之意，对外国仍视其为“亡我之心不死”，对本国的理解也停留在“天道无常，时势更易”的水准。林义哲等一群人，正是因为深刻的了解这一点，才有了后来中国国运的根本性转变。
在《北京专约》签订完毕之后，各国公使纷纷前来总理衙门道贺，庆祝“中国和日本之间恢复了和平”，总理衙门一时间格外的热闹。
在条约签订完毕，林义哲的“全权”便被收回，这一日谕旨下达，免去了林义哲“全权头等交涉大臣”一职，改为“台湾事务大臣，总理衙门行走”，并加太子少保衔，并未授予他另外的职务，林义哲当然明白这当中的奥妙，是以在郭嵩焘对此大惑不解甚为不平的时候，并没有解释。
“你这一次要得如此巨款回来，功劳不亚于台湾逐倭，而条约方定，便如此冷落，未免有些过了。”
在贤良寺郭嵩焘的居所，郭嵩焘正和林义哲一边喝茶，一边闲谈。
通过这一阵子的合作应对日本人，郭嵩焘和林义哲已然一见如故，成了无话不谈的忘年交。
“呵呵，我之前只不过是个小小的船政帮办委员，不过六七年时间，便数迁至此，朝廷恩赏不可谓不厚，我已知足了。”林义哲没有说出慈禧太后在“天地一家春”给他的许诺，而是笑着宽慰郭嵩焘道，“郭公放心，朝廷断然不会就此抛却我等。”
“鲲宇，你可知道，这洋务是出了名的费力不讨好，需要用人的时候，便临时召你我等前来，事毕只怕又要闲置了。何况又有人暗中构陷，你这一次，怕是又不知着了谁的道儿。”郭嵩焘回想起此前的官场经历，叹道。
看到郭嵩焘郁郁的样子，林义哲知道他应该是又想起了当年因左宗棠四道折子连参而被免去广东巡抚一职尚不自知的故事，只是微微一笑。
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