虽说一年的国战打下来，面对的还是武当派和忘情阁这样的庞然大物，万兽山庄并未吃什么亏，甚至还赚了不少，毕竟万兽山庄靠的是兽潮攻击，几乎是无本买卖，但问题是，这得看事后武当派和忘情阁答应不答应。
第一个国战年结束时，大家都忙着恢复经济，休养生息，也就睁只眼闭只眼算了，但在第二个国战年到来之际，如果武当派和忘情阁还对其放任不理，那就太对不起自己了，所以当武当派掌门饭炒蛋主动找到忘情阁高层提出要扫除这个不懂规矩的新生小派时，几乎是不谋而合的两派便定下了剿灭万兽山庄的计划。
以武当派和忘情阁的实力，要想灭掉万兽山庄这样的小派，简直就是弹指之间，所以没有任何悬念的，万兽山庄的门派基地在突遭武当派和忘情阁数十万高手围攻后，瞬间化作了一片废墟。
而且要知道，两派围攻万兽山庄的时候，并没有开启门派战，所以数十万高手是在没有死亡惩罚保护的情况下，就这么一窝蜂地把人家基地给推了，可见一向被称作老好人的饭炒蛋，其真实魄力远大于丐帮的丐中丐，毕竟丐帮诺大的一个门派为了剿灭只剩下光杆司令慕容风的慕容世家，居然还畏首畏脚地开启了门派战机制。
有关剿灭万兽山庄的计划，方杰并没有参与，只是事后才从依灵的短信中得知此事，对此，方杰倒也没什么异议，毕竟此前他早已交代过，内事不决问依灵，外事不决问忘情，他这个甩手掌柜本来就不干涉。
况且，这门派大了，大家的野心也大了，一些决议他也未必左右得了，所以只要没有损害到自己的利益，他也干脆听之任之了。
另一个消失的门派是青城派，不过青城派的玩家们则是以平和的甚至迫切的心情并入峨嵋派的。
之所以说平和，是因为青城派上下都很清楚自己的门派实力太过单薄，虽然有一个武学大宗师掌门坐镇，但比起江湖其他各派，底蕴还是差了许多，再加上川蜀地区的复杂极其形势，若还像第一个国战年那样附属在峨嵋派下，恐怕难以生存下去，所以与其寄人篱下，还不如大大方方地加入实力雄厚的峨嵋派成为主人之一。
之所以说迫切，则完全是异性相吸的规律所造成的，偌大的一个峨嵋派，男弟子屈指可数，而整个青城派，女玩家也凤毛麟角，所谓阴阳互补，又所谓男女搭配干活不累，那么青城派的男玩家们如此迫切地并入阴盛阳衰的峨嵋派也就在情理之中了。
至于门派武功体系问题？门派系统升级后，那根本就不是什么问题……
除了以上三个被除名的门派之外，江湖上还有不少门派发生了变故。
比如在第一个国战年期间加入南蛮国阵营的药王谷，这次却改弦易辙，转而投靠了西洋国阵营。
这其中的缘由很容易猜到，一方面南蛮国被武当派和忘情阁阻挡在中原以外，使得药王谷再难有进取之心，否则的话，他们就是下一个万兽山庄，其次，川蜀地区的形势又太过复杂，这趟浑水并不好走。
反观没有任何门派加入的西洋国阵营，虽说仍然难以进入到中原腹地，但其战斗特点是以火器为主，这个特点恰好与药王谷的杂艺有着异曲同工之妙，所以两者的结合便有了基础，相信药王谷的杂艺配合西洋火气的话，定能在未来的国战中占有一席之地。
当然，占有一席之地并不是药王谷的根本目的，而是借用这个筹码，与其他势力国阵营换取相应的利益，因为一场国战下来，明眼人都看出来这所谓的国战其实就是一个香喷喷的馒头，如何能在这上面大大地咬下一口而不塞牙，那才是最关键的，至于什么统一全国、称霸武林，那都只是浮云，不值得一提！
由于万兽山庄被灭，药王谷又改换了阵营，所以南蛮国阵营便暂时出现了真空，尽管南蛮国阵营所处的方位很鸡肋，是药王谷舍弃不要的，但仍然吸引了不少在第一个国战年期间没捞到什么好处的门派加入进来。
比如一直郁郁不得志的大轮寺，在第一届国战期间备受血刀门打压，又被大理段氏拖进了消耗战，所以这一届国战，便想自己独立掌握南蛮国经营，他们相信，就算南蛮国再怎么鸡肋，也比留在西域国阵营看人脸色强。
但可惜的是，没等大轮寺高层下定决心，武当派便宣布要入主南蛮国阵营，随后，忘情阁也放出话来，表示对南蛮国阵营产生了兴趣，打算扶持纳尔率领的侠义道加入南蛮国阵营。
一看到忘情阁和武当派都站了出来，大轮寺便知道自己没戏了，因为他们很清楚，就算大轮寺冒着被两个大派灭门的风险强行加入南蛮国阵营，也绝对捞不到什么好处，因为有句话叫做近水楼台先得月，南蛮国阵营的据点离武当派和忘情阁最近，若是大轮寺远道而来的话，还得穿过西域国、西夏大理国的根据地才能到达南蛮国的大本营，这显然是不太可能的事。
武当派对南蛮国阵营显然是志在必得的，因为第一场国战下来，武当派发现，留在中央皇朝阵营里实在没法发挥，想捞点好处还得跟忘情阁、丐帮、逍遥派利益均沾，所谓僧多肉少，实力雄厚的武当派并不甘心就这么窝窝囊囊的下去，所以与其跟人争得头破血流，还不如摇身一变成为中原各派的对手。
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