不过在这一世界，他们的生意很早就受到了牵制。由于京华的迅速崛起，特别是在闽海海盗联军被京华舰队一举歼灭之后，葡萄牙人提前享受了“缴纳过路费”的待遇。
但即便是要缴纳过路费，葡萄牙人依然对这条贸易线保持了极大的兴趣。一来是因为京华的过路费收得并不算苛刻，葡萄牙人的生意利润又足够大，完全没有理由放弃。二来则是因为天主教的传播问题。
葡萄牙船来航日本后数年，即日本天文18年(公元1549年)，天主教传到日本。第一个来到日本的传教士是西班牙的耶酥会士方济各·沙勿略。他于1549年到达日本后，先在鹿儿岛，继在山口、丰后传教，也到过平户、界和京都，两年后离开日本。日本人称他传入的天主教为“切支丹”或“吉利支丹”(葡萄牙语cristao的音译)。
众所周知，耶酥会是当时欧洲天主教会中反对宗教改革、帮助封建统治者镇压人民并向外殖民的重要工具。来到亚洲和拉美各地的耶酥会士有一部分以宗教家身分充当欧洲殖民者的急先锋，沙勿略就是这样一个传教士。
他在写给本国耶酥会的信中说，他来日本传教是“为把日本人的灵魂从恶魔手里拯救出来交给神”，要把日本人变成葡萄牙国王和西班牙国王的“忠实臣民”。外出传教的耶酥会士同样也是派遣国贸易商人的先遣队——这一点从前不久的马尼拉谈判中还有各大教团代表参加也看得出来。
沙勿略在1549年11月5日从鹿儿岛寄给住在印度果阿一名神甫的信中写道：“我把在同界通商时特别重要的商品表一并寄来，承办神甫们出航的人如果带来表中所列商品的话，将获巨量金银。”
于是，继沙勿赂之后，天主教传教士纷沓而至。他们以协助大名获得巨额贸易利益和满足大名置办武器的要求为诱饵，同某些大名勾结起来，使那些大名接受洗礼，成为教徒，从而获得了在这些大名领地内传教的权利。
接受洗礼的大名当时被称为“切支丹大名”，如丰后的大友宗腆、肥前的有马晴信、大村纯忠等，就是最初的这类大名。
大村纯忠为确保其贸易利益，在天正8年(1580年)时，竟将领地长崎及附近的茂木地区捐献给耶酥会作为领地。这一举动有使长崎沦为印度的果阿那样殖民地的危险，但无人能劝他打消这种做法。
大友、大村和有马这三个大名甚至为表示对罗马教宗的虔敬，于天正10年(1582年)派出一个少年使节团(“天正遣欧使节”)赴罗马，目前尚未回国(原历史上去了八年)。
天主教的传播从九州扩展到其他地区，此时日本农民对佛教信仰已感到失望，天主教所谓“上帝面前人人平等”的说教，使农民得到新的精神上的安慰。
传教士们也迎合日本风俗，穿起僧衣，在各地传教时还开设医院，举办慈善事业。至1582年前后，日本各地教徒已达15万人，教堂200多座。信徒中除农民外，还有少量的武士和商人。
欧洲传教士还在日本开办教会学校，传入先进的天文、地理、数学、航海术、造船术、西洋活字版印刷术等科技知识，以及西方的油画和音乐。日本则用活字版印刷出版了《天主教教义》、《日葡辞典》、日译本《伊索寓言》等书籍。
欧洲文化的传人，使日本出现了最初的欧洲外来语，例如pen(葡语pao，面包)、botan(葡语cotao，纽扣)、meriyasu(西班牙语medias，针织品)等。
这一点同西方文化初传入中国时只停留在宫廷及官员、士人手中的情形不同，这种“南蛮文化”在日本民间得到一定程度的流传，为日本学习西欧文化奠定了基础。
这一点甚至引起了京华内务部的关注，有一名乔装为京华大坂所设商行二掌柜的谍报人员曾经上报过此事，提出：“海贸同盟切掐断南蛮贸易，并将葡人之角色取而代之，以维持同盟对日本贸易之绝对垄断。”
数月之后，一封落款处盖着竖长矩形“见心斋”三字印鉴的回函给了他批复：着详查核论以报。
一共只有七个字，却让此人振奋异常。因为，以京华内部的规矩而言，他这个身份上报的事情，通常回函都只是盖着“白玉楼畔”这四个字的印鉴——白玉楼畔，那是黑顶(内务部)的所在。
见心斋的主人是高务实，能盖“见心斋”印鉴的也只有高务实本人，所以这道回函是高务实的亲笔，其中的分量可想而知。
虽然高务实在回函中没有表示是否同意他的判断，但既然指示他“详查核论以报”，那就好比指挥作战时对探马说“再探再报”，意味着他对收到的消息十分重视，也足够审慎。
伊比利亚半岛上的三国(卡斯蒂利亚、阿拉贡、葡萄牙)都是虔诚而坚决的天主教拥护国，葡萄牙人在日本的传教既然如此顺利，葡萄牙国内焉能容忍与日本断开直接联系？
或许有人会问，既然京华的力量还只到马来半岛，并未涉足南洋群岛，那么即便马六甲丢失，葡萄牙人无非绕远一点，走巽他海峡而过就是了，有什么大不了的呢？
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