最为惨绝人寰的当属“扬州十日”、“嘉定三屠”等大屠杀，使得华夏人口锐减，很多地区变成“县无完村，村无完家，家无完人，人无完妇”的恐怖场面。
扬州十日又称扬州屠城，是指史可法率领扬州军民阻挡清军南侵守卫战失败之后，清军对扬州城内百姓展开的大屠杀。
当时幸存者王秀楚的《扬州十日记》中和明末史学家计六奇的《明季南略》记载，屠杀共持续十日，故名“扬州十日”。
扬州在激烈抵抗后失陷，清兵屠戮劫掠，十日不封刀。
几世繁华的扬州城是时堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平，前后左右，处处焚灼，城中积尸如乱麻。
扬州百姓除少数破城前逃出和个别在清军入城后隐蔽较深幸免于难者以外，几乎全部惨遭屠杀，仅被和尚收殓的尸体就超八十万具。
在文字狱盛行的清朝时期，所有关于扬州屠城的记载随着清军入主汉地之后被刻意掩盖，导致清末以前大部分人对此屠杀事件一无所知。
嘉定三屠发生在公元一六四五年，清军攻破嘉定后，三次对城中百姓进行大屠杀。彼时清军颁布剃发令，嘉定百姓拒不从命，乡绅侯峒曾带领嘉定绅民起义反清，清吴淞总兵李成栋立即领兵五千来攻。
嘉定城破，李成栋下令屠城。
百姓之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，无法计数，骨肉狼籍。
城中妇女惨遭强（和谐），如遇抵抗，军士就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸（和）淫（谐）。
大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。
其后，李成栋率军离开嘉定城。
但嘉定城的劫难仍然没有结束，李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定幸存者开始溜回城里。
他们回城后，在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
李成栋又领着军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，杀得城内清兵大溃出逃。
不久，李成栋整军反扑，把吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为著名的“嘉定三屠”。
清军往往以“恶其反侧”等借口将来降军、民屠戮一空，胆敢反抗的百姓几被杀尽，留下的大抵是一些顺服的奴才。
此外，满清又杀苗民一百万，杀回民数百万，把漠北蒙古的准葛尔部落杀到只留最后一个幼童，在世界历史上都是罕见的残忍。
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