随后商毅又作出了一糸列的人事安排，首先要上表朝廷，推举唐镇为山东都司指挥佥事，周世奇为经历司经历。指挥佥事和经历都是都指挥使司的从属官职，一个正四品、一个正六品。同时又推举周少桓为奇山所千户、成进为金山左所千户、王信力百尺崖后所千户、罗远斌为海阳所千户，杨武丞和周琦为千总。
现在山东都司还沒有都指挥使，指挥同知也只有商毅一个人，山东地区的所有卫所实除都是商毅一个人说了算，而且朝廷正要用他，因此推举几个所千户，千总，朝廷还是会给这个面子的。不过就算朝廷批了下来，众将也不可能马上就去上任，因为马上就要出兵了。只不过是让每个人都有一个正式的官职而己。实际上商毅的人马和驻地依然是穆陵关和南北的两个县。
而接下来才是重点，商毅要正式成立自己的幕僚机构。
明朝的官员，由其是地方官员，一般都会有自已的幕僚机构，这里面什么人都有，一些都有功名但沒有官职，或是闲散小官不得施展的文士，往往都把给重臣当幕僚做为自己的进身抬阶，一般都是帮东主做一些文字性的工作，有时也会派一些重要的活给他们干，而在东主遇到难事的时候，也会招集幕僚们来商议对策。其中到也确实有一些人有真材实料，当然也不乏一点本事没有，只能干一些帮闲打杂事情的人，也扎在里面混吃混喝。
不过商毅需要的并不是这种幕僚，而是借成立幕僚机构，来组建一个完善行政管理班子。其实在商毅进京之前，穆陵关里就以经建立了一个基本的行政机构，但现在商毅手底下管着近十万军民，先前建立的行政机构显然以经管不过来了，同时在未来还要建立新的根据地，摊子一定会比现在大得多，因此未雨绸缪，进一步完善行政管理机构，还是非常有必要的。
按商毅的计划，手下的行政班子将分为民政部和统战部二个大部门，分别管理民政和军政。民政部下面又分为六个分司：行政司，总管目前两县一城的所有民事事务；仲栽司，管理民事纠纷事务，维护地方治安；农田司，负责农业耕作，畜牧、农田水利建设、粮食收存事务；教育司，主管教育事务；财政司，主管财务；工建司，负责民用各项建筑、施工工程。这些部门有三个是原来就有了的：民政司，教育司，财政司。另外三个新增设的：仲栽司，农田司，工建司。
另外还设立审计司，负责财务审计监督；文书司，负责处理有关的公文来往，人事档案资料等事务。这两个司将受商毅直接领导。
而统战部以下分为四个部门，参议司，负责组织安排，监督检查士兵的训练，制定作战计划，核算战争成本；军情司，负责收集各种情报信息；军器司，负责各种军事器械制造；后勤司，负责军队的后勤物资供应安排。
这样一来，管理机构更加完善，部门分得更为细化，同时互相分工也更为目确，行政管理的效率也会大大提高。虽然还有一些不足之处，但在现阶段是完全足够的。
而各司主事者的人选安排，过去有的，还是基本保留原来的人选，只是做出一个改变，就是过去主管财务的是叶瑶瑱，管审计的是孙和京，现在将两人互调过来。而其他新增设的各司主事，经过商毅和叶瑶瑱、周世奇、唐镇等人的仔细商议，也都一一做了决定。
最终民政部六司主事的人选为：民政司主事为周世奇；财政司为孙和京；教育司主事陈义文，他原是临朐县的教愉，出任教育司主事到正合适；仲栽司主事为王仲平，过去是沂水司的巡检，和商毅有过几面之识；农田司主事孙成，他过去是沂水县的县丞，也和商毅等人都相识；工建司主事鲁石，他是从过去军器工坊中分离出来。
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