等战场都清理得差不多的时候，商毅又接了另一个消息，在战场上逃走的三艘西班牙战舰，还有后面西班牙军的六艘运需船，在返航的路上，遭到了迂回到西班牙军后方的商家军海军第二分舰队的攻击，被击沉四艘，俘虏二艘，最终只有三艘船逃走。也为这一场海战，划上了一个完整的句号。
而这三艘逃走的船在台湾东南沿海时，又遭到荷兰船队的拦截，最后只剩下一艘船逃回到马尼拉，向菲律宾总督科奎拉报告。
这时太阳终于完全消失在西方的天际，黑夜降临在大海上。商毅也下令，全体战船返航，回到基隆港去休息。
这一战商家军一共出动了七十一艘战船，在主要战场投入四十七艘，其中主力战舰二十五艘，共计士兵三千二百多人。西班牙军出动了二十四艘战船，在主要战场投入十八艘，士兵一千五百余人。
结果是商家军取得了全面胜利，击沉击毁对手十四艘战船，俘虏七艘，其中包括西班牙军的旗舰圣路易号，打死西班牙士兵一千二百余人，活捉六百余人。并且缴获各类火炮三百余门，火枪一千余枝，其中有三百多枝是燧发枪，战马三十四匹，其他粮食物资若干。
而商家军自身，被西班牙军击沉战船八艘，包括六艘辅助战舰和一艘巡洋舰、一艘护卫舰。其中第一分舰队的损失最大，有五艘辅助战舰和一艘护卫舰。另外还有九艘战船受伤，又是第一分舰队占了其中的七艘。同时还战死士兵水手三百七十二人，另有三百一十五人受伤。
因此经过了一夜的休息之后，第二天商家军也在基隆举行了盛大的庆典，以庆贺商家军的海军第一次出战，就取得了重大的胜绩。由其是第一分舰队，虽然损失很大，但却是担负着最艰难的任务，而旦成功的打乱了西班牙军的阵形，为后面取得胜利，打下了一个良好的基础，因此商毅也重点表彰第一分舰队的全体官兵。
虽然从结果上来看，商家军确实取得胜利，而且还考虑到这是商家军海军成军以来的第一战，也就更是难能可贵了。不过商毅也没有为这一场胜利就忘乎得己，认为商家军的海军从此就纵横海上，所行无敌了，因为从双方的实力对比上看，商家军在各方面几乎都占据了压倒性的优势，因此取得这样的胜利并不算什么，甚致可以说，西班牙军是虽败犹荣。而且从战斗的过程来看，商家军也出现了许多失误的地方，需要改进总结提高的地方，还有许多。
其中又有两个问题最为突出，一个就是海军依然整体缺乏实战经验，一但遇到不利的环境，或是战前没有布置到的情况，旗舰又无发下达明确命令，需要官兵们用自己的判断来决定下一步的行动时候，就会自乱阵脚。同时在海军內部，士兵的素质差别也比较大，相比之下，主力战舰的士兵水手的素质，明显要强于辅助战船。另外就是士兵对［海军条例］的执行，也不彻底，在忙乱的时候，往往就会忘了［海军条例］的要求。
这确实是一个在短时间内难以解决的问题，毕竟作战经验不是一天两天就能完成的，只能通过平时的严格训练来尽力弥补。
而另一个则是战船的问题，这一次战斗也再次证明，老式的福船，和西式的风帆战船根本就不是一个等级的较量，并不适合作为战舰，那怕是当辅助战舰来用，也颇有些力不从心。相比之下，改良之后的福船，表现就明显要好得多，因此以后新造的福船，也将全以改良之后的船型为模式。同时舰队的规模暂时不要扩大，等逐渐用新船取代了老船之后再说。
但解决这个问题同样也需要时间，在新船尚未造出之前，也只能先用老船撑一阵子，不过在以后的战斗中，也要注意各种战船的搭配，尽可能不要让老式的福船但负过多的战斗任务。
随后，商家军就在基隆港暂时休整，治疗受伤的士兵，修理战船。同时商毅也写了一封措词十分严厉的信，附上这两次战斗中俘虏的西班牙军主要军官的姓名，送往马尼拉，交给西班牙的菲律宾总督科奎拉。送信的人选商毅都己经选好了，就是上一次西班牙远征舰队的翻译，袁朴和吴雁鸣两人。
在西班牙远征舰队全军覆灭之后，袁朴和吴雁鸣在张庚秋的劝说之下，也愿意投靠商毅，但为了尽力隐瞒远征舰队覆灭的消息，商毅一直将两人留在浙江，并没有放他们回去。两人在马尼拉的生意，也由张庚秋帮忙照看，现在没有隐瞒的必要了，同时也是袁朴和吴雁鸣发挥作用的时候了，当然商毅还派了一名传教士随两人一起出发，前往马尼拉送信。
两天以后，一艘来自福建泉州的福船来到了基隆港，船上的使者向商毅带来了一封信，是甴福建总兵，安南伯郑芝龙发出的，信中的措辞到也十分客气，先夸赞了商毅一番，表示郑芝龙对商毅十分敬佩，同时也说明，郑芝龙是打算进京去朝贺天子登基，正要路过浙江，希望能够与商毅会面。
接到这封信之后，商毅也点了点头，自己终于引起了郑芝龙的注意。不过这也早就在商毅的预料之中，商家军想要向海外扩展，早晚都会和郑芝龙打交道，其实从商家军的海军成军的那一天，商毅一直就把郑芝龙视为自己在海上潜在的最大对手。虽然这个时代还有西班牙、葡萄牙和荷兰等海上强国存在，但这些国家都离中国太远，后勤支援起来十分困难，缺乏持久力，而且他们都需要和中国的贸易，因此也都不会希望与中国的某一势力长期树敌。
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