就在南京和清廷进行第二轮谈判的时候，中华军也己经开始向南方发动了进攻。
这一次中华军一共投入的八个军的兵力，分为东中西个方向，向包括四川在内的整个西南方地区发动全面出击。
在西路是由湖广军区参谋长李牟任主将，率领第八军、二十二军，沿长江西进，兵取夔州府，进攻四川的东北，迫使吴三桂从湖南西南的战场撤军；中路军由江西军区的司令员罗远斌为主将，率领江西军区第二军、湖广军区第十三军，从湖南西南出兵，进攻贵州黎平地区，切断永历朝廷和四川的联糸，而江西军区第八军暂时驻守江西赣州，牵制广东的尚可喜，；东路军甴南京军区的司令员段鹏为主将，率领江西军区第十六军、南京军区第二十军浙江南部出兵，进攻福建建守府，驻守澎湖列岛的南京军区第七军和第四分舰队则准备从海上出击，帮助段鹏部夹击福建。
中华军的战略意图是首先攻击福建和两广，对四川以牵制为主，等打下了福建和两广之后，再全力进攻四川。
果然西路的中华军中，有许多原大顺军的将士，新组建的二十二军军长就是原大顺军西路军的主将李过，在当初大顺军南下的时候，就是由四川到达湖北，和李自成在湖北会师，后来投靠南明，成立忠贞营，又在川湖边境一带驻扎了近一年的时间，又这一带的地理非常熟悉，而且这也是大顺军的余部加入中华军之后，首次参加重大战役，因此人人都十分努力。
而这时川军的主力正集中在四川东南部与湖南交界的一带地区，四川东北的守备十分空，中华军一路西进，十分顺利，首先攻下夔州，随后继续向西，连续攻占了云阳、万县、开县、达州等地，深入四川近三百余里，在川北和川中之间，划开了一个大裂口。
吴三桂闻迅之后，也大为震惊，急忙下令从四川与湖南交界的一带地区撤军，分兵把守顺庆府、保宁府和忠州等地，全力阻挡中华军的进攻。
这样一来，中华军在湖南西南的危胁也解除，罗远斌也率领中路的人马出击，第二军首先攻占了贵州黎平府。由于川军撤退，永历朝廷的西北边境也出现了一个大空档，中华军攻占了黎平府之后，立刻挥兵南下，进入广西境內，先取怀远，然后沿融江南下，直取柳州。
柳州位于桂州府的西侧，一但失守桂林府也难以保全，因此永历朝廷的都师何腾蛟闻讯之后，急忙调动大军，奔赴柳州迎击中华军，自己坐镇融县指挥，双方在柳州府的北部地区，展开激战。
永历军的人马达到六万，而中华军第二军只有一个师两个旅，总兵力只有二万五千多人，双方沿着融水，一路激战，但永历军根本就不是中华军的对手，被中华军打得落花流水，连败三阵，人马向南溃败不止。何腾蛟在融县收容败军，打算在融县驻守，以抵挡中华军的进攻。但中华军杀到融县之后，永历军的各路人马跟本不敢和中华军交战，纷纷向其他地方逃跑，转眼之间，何腾蛟手下只剩两千余人。
而何腾蛟也不敢在融县驻守，只好也放弃了融县，到回到桂林。
那知就在中华军的第二军进攻柳州的时候，第十三军也从永州出兵，直取桂林。由于何腾蛟将兵力都调去守卫柳州，桂林一带兵力空虚，中华军一路兵不血刃，连取全州、兴安，灵州，兵锋直逼桂林，己不足三十里。
这时桂林举城震惊，永历朝廷的文武大臣也乱成一团，两位执政大臣丁时魁、瞿式耜也都手足无措。朱由榔不敢在桂林久留，立刻由马吉翔和陈邦傅、太监庞天寿等人保护，弃城而逃。丁时魁、瞿式耜等大臣得知以后，朱由榔早已逃出了桂林城，一路向南而去。而中华军已经到达了桂林城前。
这时何腾蛟刚好也赶回了桂林，得知朱由概己经和马吉翔、陈邦傅、太监庞天寿等人弃城而逃，也不禁又急又气，但这时中华军己经杀到桂林城下，何滕蛟也只得下令人马拒守城池。
而中华军随即对桂林城展开了猛攻，不到一个时辰，就用火炮轰开了桂林的城门，杀入桂林城中，永历朝中的大臣瞿式耜、何腾蛟、张孝起、李用楫，等人都因为逃跑不及，被中华军俘虏，而王化澄、朱天麟、袁彭年、吴贞毓、丁时魁、蒙正发、刘湘客等人在乱军中逃脫，各自分散。
朱由榔逃出桂州之后，本打算逃到柳州去找何腾蛟，那知到了柳州之后才知道何腾蛟己经被中华军击败，回桂林去了，这时攻入柳州的中华军已经占领了融县，继续向柳州进攻。朱甴榔不敢在柳州停留，立刻又放弃了柳州，一路向西逃窜，狂奔了千余里，一直逃到了贵州省南部的镇宁州才算是收住了脚。而把整个广西省，全部都扔给了中华军。
在右路，中华军的进攻也同样十分顺利，因为浙江、福建边境的重要关益仙霞关一直都被中华军占着，而出了仙霞关，一直到福州，都无险可守。
因此中华军由仙霞关出兵，首先攻占了建守府，逼进福州，而驻守在澎湖列岛的第七军和第四分舰队也扬帆出兵，攻占了福州府东南的海坛山，水陆两路，共同出击，对福州形成了夹击之势。
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