就在中荷双方在文莱进行唇枪舌战的时候，商毅也带着舰队在返回国內的道路上。
商毅一行首先到达吕宋，并且在吕宋一共停留了六天，一个主要原因是遇到了风浪。虽然这个季节里，海上的风浪并不大，而且岳飞号也是一艘大船，如果是在平时，当然是可以冒着风浪出发了，但现在的情况不同，因为丰臣薰有了身孕，商毅可不敢冒险让她受风浪颠波，因此就在吕宋休养几天，等风平浪静之后再出发。而且吕宋的医疗住宿条件，也确实要比文莱好得多。
当然在这段时间里，商毅也没有白白浪费，而是毎天都在和张庚秋、亚莉桑德拉、冈萨雷斯候爵、小布莱克等人商议怎么经营南洋地区，因为现在的南洋局势，中华军在军事上已经取得了绝对的优势，那么下一步就是如何在南洋地区重新确定中国的宗主国地位，确保中国在这一带地区的利益。
虽然说武力确实是中国在南洋地区最重要的保障，但也绝不能一味的依靠武力，还是要多重手段一起运用，所谓三分军事、七分政治，当年委员长的这一套，虽然在商毅以前的那个时空里并没能取得成功，但在本时空里，也值得商毅借鉴和学习。
另外对南洋地区的控制，不仅要依靠政府的力量，但主要还是要发挥中国民众对于移民海外，开拓海外的积极性，政府最好只进行引导和管理作用，当然也要对这些移民提供保护。而且中国以后还会继续向海外扩展，因此这次在南洋地区的实践经验，也为以后的海外扩张行动提供参考。
但这些俱体的措施，还需要进行详细的协商，如怎样提高民众对移民海外的热情，与当然的土著如何相处，国家又怎样对殖民地区进行有郊的控制和管理，不让殖民地区脱离国家控制，又如何为殖民地提供保护等等问题。
虽然商毅比这个时代的人多了三百多年的经验和见识，而且在穿越之前，商毅对于殖民地、殖民主义这些词也十分熟悉，但对于殖民地的俱体管理方式，商毅确实还是一个门外汉，而且商毅也不希望完全照搬欧州殖民者的方式，因为这个时代的欧州殖民方式过于残酷，从商毅自身的观念，以及中国的传统道徳观念，都不允许商毅采用欧州的殖民方式，而是应该使用一种更为温和的手段。使中国能够长期、稳定在这一地区保证自己的权利。
当然对于这个时空的人来说，这也是一个新的课题，包括来自于欧州，拥有丰富殖民经验的亚莉桑德拉、冈萨雷斯候爵、小布莱克等人更是如此，因为现在欧州对殖民地还是处在血腥掠夺的阶段，基本都是抱着抢一票走人的打算，虽然也在殖民地进行了一些开垦种植、修城建房的行为，但也只是一个辅助手段，并没有到长期占领，稳定开发的目地，因此众人也对商毅的这个想法也都十分感兴趣，毕竟抢到殖民地之后，谁都想长期占领。
由其是英国，也正处于一个新兴阶段，正在积极展开对外扩张，争夺殖民地，对于小布莱克来说，也是一个很大的启发，因此众人也展开十分热烈的讨论，也讨论出来几条有行的方案。当然俱体的海外殖民、移民条例，还是要回到囯内去讨论、制定。
在同时张庚秋也再次向商毅提出，在吕宋建省的提议，而商毅也认为，在吕宋建省的时机也成熟了，而且随着中国在南洋的扩张，吕宋做为距离中国比较近的南洋国家，而且己经得到了相当的开发，对于帮助中国在南洋地区建立稳固的权利，可以发挥重要的作用。
因此商毅也表示，在自己回到国内之后，一定会让内阁制定提案，然后交由国会讨论。而张庚秋也组织了一个二十三人组成的游说团，随商毅的船队一起回国，游说议员赞同吕宋建省。
而就在这时，又传来一个好消息，派遣到加里曼丹岛的地质堪探人员己经发现了一个金矿，另外还有疑视两个金矿也正在勘测当中，能够在这么短的时间里就发了金矿，其实完全得益于商毅提供了一个大体准确的范围。尽管是这样，但商毅同样也十分高兴，因为在加里曼丹岛发现了金矿，对于现在国内的经济发展，当然是十分有用的。
这时海面上的风浪也平息了下来，于是商毅也和船队也再度从马尼拉扬帆出发，返回国内。
这一次船队的行程十分顺利，毎面一直风微浪静，船只的行驶也十分平稳，三天之后，船队到达台湾省的高雄港，在这里，随商毅返航的北洋舰队第二分舰队和商毅的御驾舰队分别，转道到广州去驻守。因为这时南洋的四支分舰队全部都集中在南洋地区，南洋舰队的基地其实是一个空港。而整个中国的东南沿海，都是有海无防，因此北洋舰队第二分舰队暂时留在广东，付责东南沿海的保卫作用。
而商毅的御驾舰队侧离开高雄，继续北上，穿过台湾海峡，然后经由长江入海口，逆游而上，在十二月二十二日，抵达到南京金川门码头。
国内当然早就接到了报告，甴皇后叶瑶瑱带领着內阁的众官员们也到金川门码头迎接商毅一行的返程。在码头相见，众官员们也向商毅问候辛苦，而商毅也对自己不在国内的这段时间里，众官员们能够保障后勤供应，国内稳定等工作进行了赞称。随后商毅也和叶瑶瑱一起，乘坐早己为自己准备好的辇车，返回皇宫。而亚莉桑徳拉、丰臣薰也都有各自的车仗。跟在他们的辇车后面。
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