台谏介入后，许遵不服，继续上报，请求按照最高级别的刑审原则，提交翰林院，让大学士进行辩法。宋神宗此时急着要变法，根本不想在这种小事情上浪费时间，但祖制还未破坏，他只能让翰林学士司马光和王安石同议。
至此，案件到了变法派和守旧派头领面前，从一件小小的民间司法案件，跟变法的政治大势扯到了一起。
双方开始以法律条文为基础，用自己的理解为武器，相互激辩。王安石支持许遵，因为许遵引用了宋神宗的诏书，为阿云减罪二等。司马光支持刑部，认为《宋刑统》规定，杀人时“於人有损伤，不在自首之例”，阿云虽然有自首情节，但有杀人的行为，因此自首无效。
最后争论就上升到了诏书还是刑法哪一个的法律性更优先的问题上。
王安石肯定是要支持诏书的，因为他变法的最大依据，就是皇帝的支持，而皇帝的支持，最后只能落实在诏书上；司马光却一定要维护宋刑统的权威，其实就是在用祖宗制度来约束急于变法的皇帝。
这场大辩论引发了整个朝廷的大分裂，翰林学士吕公著、韩维、知制诰钱公辅等人支持王安石的意见，御史台，刑部支持司马光。双方都有无穷的火力，都能引经据典，辩论竟然拖了一年。
急于变法的宋神宗，为了终止争论，特意下敕令，规定以后类似案子，都由皇帝裁断。先是负责草诏的知制诰认为这道敕令不合法，拒绝拟诏书，把事情推给宰相。王安石也认为按照法律就可以定案，用不着皇帝特地下敕令。宋神宗又只好收回那道敕令，重新下了一道新敕令，完全赞同了王安石的意见。
最后由于皇帝的强力支持，经过几个宰相一年多的讨论后，才终于定案。阿云从绞刑改判管编，流放时遭到大赦，很快就又嫁人了。
可这个事件并没有因此而结束。十几年后，宋神宗一死，司马光再次当政。竟然再次重提此案，而且为了避免争论，司马光还废了宋神宗曾经下达的，关于自首减罪的诏书。阿云就又有罪了。
如今的世道，是司马光派系掌握话语权，因此阿云案就是铁案。虽然山东是藩镇，但话语权还是司马光那样的守旧派观念。
可是綦宪后来升为东藩府宪司后，却将这个案件再次提出来，认为阿云是无罪的。理由是阿云案当时，宋神宗的诏书尚未废除，就是有效的，阿云就不当死。同时他也认定，司马光废除宋神宗诏书是合理的，因为是经过正当程序的。以后此类案件，阿云就是有罪的。
綦宪重提此案，自然又引起了一番争论，最后他辩论赢了，名动天下。
可是这种人很得罪人，说好听点就是刚直不阿，他连李慢侯的面子都不买。以前郡王府一些不合理的行为，他都敢派人抓人。李慢侯家的女人，几乎都被他整治过。被整治最恨的就是李慢侯的宠妾张妙常，因为张妙常经常会拦下港口的海船，优先拣选喜欢的玩意来讨好李慢侯。綦宪认为此举不符合东藩府制定的市舶律条，扰乱了商民买卖，哪怕张妙常再三表示她是按市价买的，綦宪也不买账。认为这些珍玩，都没有入市，哪里来的市价。重罚了张妙常，并且不允许她以后继续拦船强买。
他也有过派宪司衙役闯军营抓人的行为，跟军队的关系闹的也很僵，只是他的名气是越来越大了。而且好名恶名参半，并没有什么青天美名，因为他只认法条，不认人情，所以很多强弱分明的案件中，他支持强者，导致同情弱者的舆论对他很不满。
李慢侯见这种人也头大，但觉得维持法制比什么都好，因此很支持他。所以审理范温的时候，就让他按程序去审，可审理的结果让李慢侯不太满意，因为他判了范温流放，而不是死刑。李慢侯是打算用范温这个吃人狂魔做一个典型的，也觉得范温死罪确凿，不服军令，当然要杀了。可綦宪偏偏死扣律条，认为当时不是战时，刚好是东藩和挞懒议和，曷懒甸停战期间，因此范温赖在莱州，不去曷懒甸履职，不是死罪，只是流刑。
李慢侯也认了，但不久綦宪被从东藩宪司调离，再次去了府学做院判。
做院判就做院判，他倒也不抱怨，继续一丝不苟的做着，好像一台机器。
“綦院判！”
直到李慢侯帐下钱粮主簿王存远找上们来。
“王主簿？你找我何事？”
“綦院判。有一件大事，我问问你，人人犯罪都可审理吗？”
“当然！”
綦宪口气坚定。
“那皇帝犯法，能审吗？”
綦宪沉默了片刻。
然后继续坚定道：“礼不可以庶人为下而不用，刑不可以大夫为上而不施。”
这是王安石说的，打破了“礼不下庶人，刑不上大夫”的传统礼法，认为礼也可以下庶民，礼是天地的纲常，法是乾坤的准则，谁也不能例外。
皇帝也是！
王存远喜道：“那太好了。綦院判，你跟我去江南，审皇帝去！”
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