不过本愿寺也不是吃素的，以本愿寺的强大网络立刻就查出其中的来龙去脉，加贺一向宗偏偏跑到近江坚田活动，这其中透着多少诡异他们已经没功夫管，只能顺势把责任推给了加贺一向宗不尊号令擅自进入畿内，烧毁日本佛教母山大伽蓝简直罪大恶极。
于是本愿寺立刻向向加贺一向宗全体寺院下达总破门令，同时还点名斥责越前、甲贺、越中一向一揆屡次三番违反本愿寺号令，违反莲如上人的“三法令”，并命令越前、越中地方的部分寺院一并破门，以上诸寺聚集的非法一揆军当即解散不得有误。
这一下事情就闹的改变性质，加贺一向一揆在加贺闹闹京都的贵族文化人们也管不着，但他们竟然丧心病狂的跑到比叡山杀人放火，长此以往朝廷和幕府的威严何在？谁都来烧一把，今天烧比叡山，明天烧瓜生山，后天就烧京都，近畿的各大山门脸面何在？
后知后觉的京都贵族们这才发怒，把昔年加贺一向一揆杀死守护富樫一族，自立为百姓把持之国的老账翻出来，使得加贺国成为一个独立于幕府的人间佛国，并要求朝廷与幕府严厉惩罚这群匪徒。
以前谁会在意一个远国的土豪与农民到底闹出什么事情，加贺国的一揆暴动也好，越前朝仓家打的九头龙川合战也好，可能连茶余饭后的谈资都算不上，哪里能与谈古说今，研究歌道，茶道，或者汉诗，书画来的美妙。
这次变的不一样，不管是不是天台宗信众大家都很关心比叡山被烧事件，何况京都的天台宗信众有一大半来自朝廷的公卿、皇族，一旦事情落在他们自己身上，这些贵族就觉得一向宗所作所为是如此的肮脏，反复利用土民的力量发动一揆，是个卑鄙肮脏的宗派。
无奈之下，石山本愿寺值得再三表示自己被蒙在鼓里，但本愿寺还是负有不可推卸的责任，尤其是他们的教义竟然鼓动不读佛经念佛号即可成佛，这简直是谬论中的谬论，以前就被朝廷流放过，这次的延历寺烧讨事件成为导火索，声讨本愿寺的浪潮一浪高过一浪。
这下一向宗也慌了，开始四处求人说情却鲜有收效，有些脑袋不清醒的坊官扯着嗓子喊出：“要不发动一揆吧！”本愿寺证如差点被这夯货给气死，这个时候还发动个屁一揆啊，再发动那可坐实了邪教的名声，以后别说发动信众了不被武士们撵道海里喂鱼就不错了。
本愿寺证如的危机公关还是确实起一定的效用，京都里有些人很同情他石山本愿寺，其中就有许多公卿与本愿寺证如有来往，平时也收过本愿寺的不少礼物馈赠，觉得这家寺院的人品还不错，而且佛门经典讲的天花乱坠丝毫看不出哪里有邪教的趋势，当然这话不能明说，只能通过帮他们说好话慢慢扭转局势。
这场巨大的“比叡山法难”经过一段时间的沉淀余波还未散尽，无故中枪的一向宗到处申诉还是得到正面回应，经过半个多月的危机公关，外加本愿寺大谷家的宗家，日野晴光在其中跑前跑后的中介，朝廷决定对石山本愿寺应当网开一面，高高举起轻轻放下，本愿寺家再遭毁灭的危机逐渐消弭。
看在朝廷的面子上尧尊法亲王决定饶过一向宗，但是天台座主还是不打算轻饶了他们，尧尊法亲王首先要求一向宗给予赔偿，随后开出一份价值三十万贯永乐钱的巨额罚单，同时本愿寺证如自烧石山本愿寺伽蓝并立即退出近畿，高调宣布一向宗严禁在畿内从事传道活动，否则天台宗必讨之。
本愿寺证如真是无辜中枪中到死，可是他有什么办法，北岭延历寺实在太强大他也不敢惹，当年莲如上人就被天台宗指了一次“佛敌”，然后才跑出近畿到北陆的穷乡僻壤传教，他不想重蹈曾祖父的覆辙再去北陆躲着。
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